Os primeiros indícios de bandeirantes paulistas na região onde hoje fica
a cidade se situam entre 1673 e 1682, quando da passagem de Manoel de Campos
Bicudo pela região. Ele fundou o primeiro povoado da região, onde o rio Coxipó
deságua no Cuiabá, batizado de São Gonçalo.
Em 1718, chegou ao local, já abandonado, a bandeira do sorocabano
Pascoal Moreira Cabral. Em busca de indígenas, Moreira Cabral subiu pelo
Coxipó, onde travou uma batalha, perdida, com os índios coxiponés. Com o
ocorrido, voltaram e, no caminho, encontraram ouro, deixando, então, a captura
de índios para se dedicar ao garimpo.
Em 8 de abril de 1719, Pascoal assinou a ata da fundação de Cuiabá no local
conhecido como Forquilha, às margens do Coxipó, de forma a garantir os direitos
pela descoberta à Capitania de São Paulo. A notícia da descoberta se espalhou e
a imigração para a região tornou-se intensa.
Em outubro de 1722, índios escravos de Miguel Sutil, também bandeirante
sorocabano, descobriram às margens do córrego da Prainha grande quantidade de
ouro, maior que a encontrada anteriormente na Forquilha. O afluxo de pessoas
tornou-se grande e até a população da Forquilha se mudou para perto desse novo
achado. Em 1723, já estava erguida a igreja matriz dedicada ao Senhor Bom Jesus
de Cuiabá, onde hoje é a basílica.
Já em 1726, chegou o capitão-general governador da Capitania de São
Paulo, Rodrigo César de Menezes, como representante do Reino de Portugal. No 1º
de janeiro de 1727, Cuiabá foi elevada à categoria de vila, com o nome de Vila
Real do Senhor Bom Jesus de Cuiabá.
Cuiabá foi elevada à condição de cidade em 17 de setembro de 1818,
tornando-se a capital da então província de Mato Grosso em 28 de agosto de 1835
(antes a capital era Vila Bela da Santíssima Trindade). Mas, mesmo a mudança da
capital para o município não foi suficiente para impulsionar o desenvolvimento.
Com a Guerra do Paraguai, Mato Grosso foi invadido. Várias cidades foram
atacadas, mas as batalhas não chegaram à capital. A maior baixa se deu com uma
epidemia de varíola trazida pelos soldados que retomaram dos paraguaios o
município de Corumbá. Metade dos cerca de 12 mil habitantes morreu infectada.
Somente após a Guerra do Paraguai e o retorno da navegação pelas bacias
dos rios Paraguai, Cuiabá e Paraná é que o município se desenvolveu economicamente.
A economia esteve, nesse período, baseada na produção da cana-de-açúcar e no
extrativismo. Esse momento produtivo não duraria muito e o município voltou a
ficar estagnado, desta vez até1930. A partir desta época, o isolamento foi
quebrado com as ligações rodoviárias com Goiás e São Paulo e a aviação
comercial. A explosão no crescimento deu-se depois da década de 1950, com a
transferência da Capital Federal e o programa de povoamento do interior do
país.
Nas décadas de 1970 e 1980, o município cresceu muito, mas os serviços e
a infraestrutura não se expandiram com a mesma rapidez. O agronegócio
expandiu-se pelo estado e o município começou a modernizar-se e a
industrializar-se. Depois de 1990, a taxa de crescimento populacional diminuiu
e o turismo começou a ser visto como fonte de rendimentos.